职工代表大会制度是研究所实行民主管理的基本形式，是职工行使民主管理权力的机构，在法律规定的范围内行使职权，是实现所务公开，依靠职工办好研究所的重要途径。职工代表大会坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，接受研究所党委的领导，组织动员广大职工全面贯彻党的基本理论、基本路线、基本方略。中国科学院昆明植物研究所采用“职工代表大会”与“工会会员代表大会”两会合一的形式。中国科学院昆明植物研究所工会委员会（下称所工会委员会）是中国科学院昆明植物研究所职工代表大会的工作机构，负责职工代表大会的日常工作，检查、督促职工代表大会决议的执行。所工会委员会成员干部任期与研究所领导任期一致。为了保障职工的合法权益和完善工会的工作，昆明植物所还相继成立了女工委员会、经审委员会、劳动保护监督委员会等。

　　所工会成立于1986年4月，是所党委领导下，职工自愿结合的群众组织，是所党委联系职工群众的桥梁和纽带，是创造和维护凝聚力的重要基础和保障，是和谐研究所建设中的重要力量，是会员和职工利益的代表。 所工会按照《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国工会法》等法律法规和《中国科学院研究所职工代表大会实施办法》、《云南省职工代表大会条例》等文件独立自主地开展工作，依法行使权利和履行义务，保证了党的路线、方针、政策的贯彻和执行，推动了研究所民主管理、所务公开，为研究所的稳定和发展起到了积极作用。在关心职工、给困难职工送温暖、抗灾救灾、疫情防控、扶贫济困、丰富职工文化生活、弘扬主人翁精神等方面开展了一系列工作，发挥了应有的作用。